《萌菌物语》是一部将美食与生物学巧妙结合的轻松治愈番，没有复杂的剧情，风格清新。剧情虽然初期稍显慢热，但只要耐下性子，后面反转不断，角色塑造尤为成功，萌菌的刻画既科学又可爱。主角在充满鲜切花和酵母菌的民宿，邂逅了拥有看穿细菌“拟态”能力的少女，展开了一段爆笑又温馨的日常。这种充满活力与知性魅力的叙事，非常适合对日式校园生活、生物学或治愈系故事感兴趣的观众，能让你在欢笑中收获满满的感动。剧情不仅温情幽默，还巧妙融入了菌类冷知识，让人在欢笑中不知不觉认识微生物。 虽然编剧擅长玩弄文字游戏，台词风格有时略显“装模作样”，但配乐和作画带来的视听享受却恰到好处。

今年，大学新鲜人泽木惣右卫门直保（坂口大助 配音）进入农业大学农学部，开始了全新的大学生活。其貌不扬的直保有一个天大的秘密，他能够看见存在于空气中的“菌”，甚至能够徒手抓住菌以及与其对话，这样的超能力对于农业专业的直保来说，无疑是如虎添翼，但是，麻烦也随之而来。　　作为直保的亲梅竹马，直保的秘密无疑为家中经营酿酒行业的结城萤（斋贺观月 配音）创造了不少的便利。同时，外表意外老成的学长美里熏（小西克幸）和各方面都圆滚滚的川滨拓马（杉山纪彰 配音）都对直保产生了浓厚的兴趣。在崭新的校园里，直保和各式各样的菌在一起的生活就这样开始了。

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